Sí. Tras mover el directorio de XAMPP, debes ejecutar "setup_xampp.bat". Los paths de los directorios de configuración se ajustarán con este paso.

Si has instalado algún servidor como servicio de Windows, debes primero eliminar el servicio de Windows y después de mover, podrás instalar el servicio de nuevo.

Aviso: Los ficheros de configuración de tus propios scripts, como aplicaciones PHP, no serán ajustados. Pero es posible escribir un "plug-in" para el instalador. Con ese plug-in, el instalador puede ajustar esos ficheros también.