Paso 1:

El documento usado es RGB de 600 * 400 px con fondo transparente.
Empezamos por crear un degradado de azul (0066CC) a blanco (FFFFFF) inclinado un poco, como lo vemos en la imagen a la derecha.

Paso 2:

Creamos una Nueva Capa y la llamamos Base Nubes. Presionamos D para resetear los colores. Aplicamos Nubes:
Filter > Render > Clouds
Luego, de inmediato, aplicamos a esta misma capa Nubes de Diferencia:
Filter > Render > Difference Clouds
Se aplica una o varias veces presionando Ctrl + F, las en cada caso se ajuste a lo que necesitamos.

La imagen de abajo a la  derecha es producto de dos aplicaciones.

Presiona Ctrl + L para abrir los Niveles de esta capa y ajustamos un poco para darle un poco mas de definición a nuestras futuras nubes. Tratando de concentrar los sliders en una amplia banda. Para ser mas claro esta a imagen de la derecha, intenta simular algo parecido.

Después de los niveles Duplica la capa y a la nueva le llamaremos Volumen Nubes

Sobre la capa Volumen Nubes aplica el filtro de Extrusión:
Filter > Styize > Extrude
En la imagen a la derecha vemos los parámetros que usaremos, esto nos da una apariencia de profundidad a nuestras casi-nubes.

Ahora, y esto es opcional, aplica un poco de Desenfoque Gaussiano para quitar la solidez.
Filter > Blur > Gaussian Blur

Finalmente Cambiamos nuestras dos capas de nubes a modo pantalla (trama) para permitir el filtrado del fondo por la zonas oscuras de nuestras capas oscuras.
Opcional es que le apliques un poco de sombras a nuestras nubes para darles mayor realismo, aunque si es una escena caricaturesca no haría mucha falta.